"Deux missiles balistiques sont tombés dans la ZEE", a dit devant des journalistes Kimi Onoda, la secrétaire parlementaire auprès du ministre de la Défense.
Cette zone s'étend jusqu'à 200 milles marins (370 km), entre les eaux territoriales japonaises et les eaux internationales.
Le Premier ministre japonais Fumio Kishida a précisé que ces tirs n'avaient pas causé de dommages, tout en les condamnant fermement.
Ceux-ci "violent des résolutions du Conseil de sécurité des Nations unies et constituent un acte irréfléchi qui aggravent les provocations (de Pyongyang, NDLR) à l'encontre de la communauté internationale", a déclaré M. Kishida à la presse.
Le Japon a "fermement protesté" auprès de la Corée du Nord, a-t-il ajouté.
La Corée du Nord procède régulièrement à des tirs de missiles dans la région, systématiquement condamnés par ses voisins, la Corée du Sud et le Japon, tous deux proches des alliés des Etats-Unis.
Cela faisait toutefois plusieurs mois que des missiles nord-coréens n'étaient pas tombés dans la ZEE japonaise.
Il y a deux semaines, Pyongyang a aussi tenté, sans succès, d'envoyer dans l'espace un "satellite de reconnaissance militaire", ce qui avait provoqué par erreur des alertes au missile à Séoul et à Okinawa (sud-ouest du Japon).
Le conseiller à la sécurité nationale de la Maison Blanche, Jake Sullivan, est par ailleurs arrivé jeudi à Tokyo pour des entretiens avec ses homologues du Japon, des Philippines et de Corée du Sud.
